Si estás aquí seguramente sea porque has visto mi poster en la Noche Europea de los Investigadores de Madrid. Por tanto, vas a tener que disculpar mi ausencia, ya que no he podido estar presente junto al poster para explicarte los entresijos y detalles de lo que quería mostraros, porque estoy haciendo una colaboración con el grupo de Química Teórica de Leticia González en la Universidad de Viena, una ciudad donde se fraguó una gran parte de la mecánica cuántica.
Para compensar, he creado un pequeño videotutorial, que intenta guiaros paso a paso en la instalación de los requisitos en vuestro ordenador, y poder empezar hacer vuestras simulaciones de una manera sencilla.
La instalación está dirigida para un sistema operativo Linux, pero se podría instalar igualmente en WIndows o Mac siguiendo las instrucciones correspondientes.
Básicamente, los pasos son los suiguientes:
- vais a necesitar instalar
condapara gestionar los entornos virtuales. Yo voy a instalar una alternativa, que se llamamicromambaporque es mucho más eficiente a la hora de resolver las dependencias entre los entornos
"${SHELL}" <(curl -L micro.mamba.pm/install.sh)
- Con conda (micromamba en este caso) vamos a crear un entorno virtual donde instalaremos las dependecias (o requirements) necesarios.
micromamba create -n compchem python=3
Si no os funciona la primera vez tras la instalación, es porque teneis que o abrir una nueva terminal despues de la instalación o teneis que ejecutar source ~/.,bashrc en la terminal donde lo habéis instalado.
Activamos el nuevo entorno virtual
micromamba activate compchem
e instalamos los requrimientos con conda:
micromamba install ase tomlkit mdanalysis packmol tblite tblite-python
- Instalaremos un requrerimiento con
pip, tambien dentro del entorno virtual.
pip install mdapackmol-fmt
- Nos bajaremos el código
TrainCraftdesde github. Si teneis git instalado, podreis usar git directamente en la terminal:
git clone git@github.com:basillicus/traincraft.git
si no, os bajáis el codigo en formato Zip y lo descomprimís en una carpeta de vuestra elección.
- ¡Empezamos a hacer simulaciones!
Si todo ha ido bien, deberíamos poder empezar a hacer bailar a nuestras moléculas con los nanotubos de carbono.